Name: Journée Système (JoSy) : La reproductibilité en pratique : méthodes et outils
Start: 2019-05-23T09:00:00+02:00
End: 2019-05-23T17:50:00+02:00
Location: Villeurbanne

Journée Système (JoSy) : La reproductibilité en pratique : méthodes et outils

jeudi 23 mai 2019 - 09:00

lundi 20 mai 2019
mardi 21 mai 2019
mercredi 22 mai 2019
jeudi 23 mai 2019
09:00 Présentation ARAMIS - DR7 - Univ-Lyon 1 / ICBMS - Vincent HURTEVENT (ARAMIS)
Présentation ARAMIS - DR7 - Univ-Lyon 1 / ICBMS
- Vincent HURTEVENT (ARAMIS)
09:00 - 09:15
Room: amphithéâtre Lederer
09:15 Keynote : Les enjeux de “la recherche reproductible” - K. Hinsen (Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans)
Keynote : Les enjeux de “la recherche reproductible”
- K. Hinsen (Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans)
09:15 - 10:00
Room: amphithéâtre Lederer
10:00 SIDUS : c'est un “grand pas” pour la déduplication. Un unique “petit pas” pour la reproductibilité ? - E. Quemener (ENS Lyon)
SIDUS : c'est un “grand pas” pour la déduplication. Un unique “petit pas” pour la reproductibilité ?
- E. Quemener (ENS Lyon)
10:00 - 10:30
Room: amphithéâtre Lederer Au delà de son aspect “pratique” (“on n'installe plus les machines, on les démarre !”), SIDUS apporte une reproductibilité totale du système d'exploitation, dans le temps (sur une même machine à des instants différents) ou dans l'espace (sur des machines déployées au même instant). A travers quelques exemples du Centre Blaise Pascal, nous verrons que, lorsque des variabilités (notamment temporelles) apparaissent sur des installations sous un même SIDUS, les origines sont à rechercher ailleurs : matériel, BIOS, conditions climatiques… Nous concluerons que, si des solutions à base de conteneurs présentent la racine d'un système comme le graal de la reproductibilité, il n'en est rien : SIDUS vous prouvera le contraire !
10:30 PAUSE
PAUSE
10:30 - 10:45
Room: amphithéâtre Lederer
10:45 La reproductibilité au service de la Biologie computationnelle - T. Denecker (I2BC, Gif-Sur-Yvette)
La reproductibilité au service de la Biologie computationnelle
- T. Denecker (I2BC, Gif-Sur-Yvette)
10:45 - 11:30
Room: amphithéâtre Lederer Les outils de reproductibilité choisis ont tous des équivalents fonctionnels (docker/singularity, snakemake/nextflow, jupyter/Rmarkdown, …) Une étude récente publiée dans Nature a montré que près de 70% des expériences en Biologie ne sont pas reproductibles. Il est donc indispensable de mettre en place des bonnes pratiques afin de garantir l’intégrité des données et la reproductibilité des résultats d’analyse. Concernant les données, les principes FAIR-data sont de plus en plus utilisés. Ces mêmes principes peut être détournés au service des analyses pour garantir des résultats identiques à partir d’un même jeu de données et au cours du temps..L’objectif de cette présentation est de proposer un panel de fonctionnalités permettant de rendre reproductible une analyse complète de bioinformatique. L’exemple présenté a pour but de sélectionner des gènes qui ne se comportent pas de la même façon entre deux conditions expérimentales. Les fonctionnalités présentées ne sont pas dépendantes de cet exemple. En effet, elles peuvent être appliquées à n'importe quelle autre question biologique.Brièvement, nous récupérons les données depuis les bases de données publiques (ENA/SRA), nous réalisons une analyse reproductible avec un système de workflow (snakemake) dans un environnement virtuel (docker) dont l'ensemble du code, versionné (git), est disponible en open source (Github et dockerhub). La visualisation des résultats est dynamique (shiny app) et un rapport (Rmarkdown) en pdf ou html est disponible. Il regroupe les résultats de l’analyse et détaille l’ensemble des paramètres choisis par l'utilisateur.
11:30 Panorama des solutions de diffusions et d’installations des codes logiciels dans un contexte HPC largement multi-utilisateurs - P.A. Bouttier (UGA Grenoble) V. Louvet (UGA Grenoble)
Panorama des solutions de diffusions et d’installations des codes logiciels dans un contexte HPC largement multi-utilisateurs
- P.A. Bouttier (UGA Grenoble)
- V. Louvet (UGA Grenoble)
11:30 - 12:00
Room: amphithéâtre Lederer
12:00 Repas
Repas
12:00 - 14:00
Room: amphithéâtre Lederer
14:00 Lightning talk: Pipelines nextflow - J. Ganofsky (ENS Lyon)
Lightning talk: Pipelines nextflow
- J. Ganofsky (ENS Lyon)
14:00 - 14:07
Room: amphithéâtre Lederer
14:08 Lightning talk : Portail web pour soumettre et formatter des jeux de données / package R - S. Dray (LBBE)
Lightning talk : Portail web pour soumettre et formatter des jeux de données / package R
- S. Dray (LBBE)
14:08 - 14:15
Room: amphithéâtre Lederer
14:15 Présentation du MOOC Recherche Reproductible - B. Rospars (INRIA Grenoble) L. Farhi (INRIA Grenoble)
Présentation du MOOC Recherche Reproductible
- B. Rospars (INRIA Grenoble)
- L. Farhi (INRIA Grenoble)
14:15 - 15:00
Room: amphithéâtre Lederer Utilisation d'un serveur Gitlab pour réaliser tous les exercices du MOOC, d'un espace personnel Jupyter par apprenant (Jupyterhub) avec un système de gestion de version simplifié.
15:00 Au-delà des conteneurs: environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix - L. Courtes (INRIA Bordeaux)
Au-delà des conteneurs: environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix
- L. Courtes (INRIA Bordeaux)
15:00 - 15:30
Room: amphithéâtre Lederer
15:30 PAUSE
PAUSE
15:30 - 15:45
Room: amphithéâtre Lederer
15:45 Execo a library to manage unix processes on thousands of remote hosts - L. Pouilloux (Ecole centrale, Lyon)
Execo a library to manage unix processes on thousands of remote hosts
- L. Pouilloux (Ecole centrale, Lyon)
15:45 - 16:30
Room: amphithéâtre Lederer It is well designed for: - prototyping experiments on distributed systems - automatize admin tasks - create reproducible experiments
16:30 Bistro: a library to build large-scale workflows in computational biology (OCaml) - P. VEBER (UMR 5558, Lyon)
Bistro: a library to build large-scale workflows in computational biology (OCaml)
- P. VEBER (UMR 5558, Lyon)
16:30 - 17:00
Room: amphithéâtre Lederer
17:00 La plateforme web “Virtual Imaging Platform” pour une science ouverte et reproductible. - S. POP (Creatis Lyon)
La plateforme web “Virtual Imaging Platform” pour une science ouverte et reproductible.
- S. POP (Creatis Lyon)
17:00 - 17:30
Room: amphithéâtre Lederer