Il suffira d'un signe ! (Raisonner sur les FOBNN en utilisant SAT)

par Athénaïs Vaginay

mardi 23 sept. 2025, 14:00 → 15:00 Europe/Paris

S3 351 (Sciences 3)

En biologie, les réseaux de réactions sont couramment utilisés pour modéliser les systèmes. Leur dynamique est généralement étudiée via des simulations numériques des équations différentielles ordinaires (ODEs) qui en sont issues.

Cette présentation propose :
    - un petit récap' des limites des simulations numériques classiques ;
    - une introduction au formalisme des FOBNN (First-Order Boolean Networks with Nondeterministic Updates), introduit en 2022 pour contourner ces limites. Ce formalisme repose sur une formule du premier ordre construite à partir des ODEs. À partir des modèles de cette formule, on peut construire un graphe de transitions d’états qui sur-approxime correctement la dynamique des ODEs ;
    - de montrer comment on s'y est pris pour traduire ces formules en logique propositionnelle, afin d’exploiter la puissance des solveurs SAT pour calculer efficacement les transitions ;
    - et enfin, de discuter de ce que ces graphes de transitions nous révèlent sur la dynamique « concrète » (celle des ODEs originales) et la dynamique « abstraite » (celle des FOBNNs).

Cette présentation reprend des éléments présentés à DEAB (juin 2025) et à CMSB (septembre 2025). L’article associé est disponible à l’adresse suivante : https://arxiv.org/abs/2506.19156