ANF R POUR LE CALCUL 2024

23 sept. 2024, 00:00 → 27 sept. 2024, 13:00 Europe/Paris

Villa Clythia

Aymeric Stamm (CNRS), Daphné Giorgi (LPSM - CNRS), Florent Chuffart (INSERM), Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

 

 

La deuxième édition de l'ANF R POUR LE CALCUL aura lieu du lundi 23 septembre au vendredi 27 septembre à la Villa Clythia à Fréjus.

Le programme comprendra des présentations et travaux pratiques sur les thèmes suivants :

• Optimisation des performances en R
• Introduction à Rcpp et les bibliothèques dérivées
• Parallélisation avec MPI et OpenMP
• Planification de tâches et gestion de ressources sur un cluster de calcul.
• Calcul sur GPU

Cette ANF s'adresse aux personnes souhaitant tirer profit de serveurs multicoeurs pour leurs programmes R et utiliser des infrastructures de calcul hautes performances.
  

Le nombre de places est limité à 25 participants. 

Les inscriptions sont gratuites et ouvertes jusqu'au 31 mai 2024 inclus.

L'hébergement et les repas sont pris en charge par l'ANF. Les stagiaires CNRS pourront demander la prise en charge des frais de déplacement par leur délégation régionale. 

 

lundi 23 septembre

12:00 Déjeuner

1 Mot de bienvenue et introduction

Orateur: Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)

R_HPC_intro.pdf

15:00 Pause café

2 Setup et configuration

Orateurs: Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629), Daphné Giorgi (LPSM - CNRS), Florent Chuffart (Inserm), Ghislain DURIF (CNRS - LBMC), Dr Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

mardi 24 septembre

3 Paquet Rcpp

• Introduction à Rcpp
• evalCpp et sourceCpp

Orateur: Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)

R_HPC_Rcpp.pdf

Rcpp HPC GitLab

10:30 Pause café

4 Paquet Rcpp

• Integration dans un paquet
• Bibliothèques utiles en C++ d'algèbre linéaire

Orateur: Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)

12:00 Pause déjeuner

5 Parallel computing for Rcpp code

• OpenMP
• RcppParallel
• RcppThread

Orateur: Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

futurverse

15:30 Pause café

6 Parallel computing for Rcpp code

• OpenMP
• RcppParallel
• RcppThread

Orateur: Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

mercredi 25 septembre

7 Parallel computing for R code

• Map-Reduce paradigms via parallel, doParallel and foreach packages;
• Map-Reduce paradigms via the futureverse;
• Parallel backends in the futureverse.

Orateur: Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

futurverse

parallel-rcpp

10:30 Pause café

8 Parallel computing for R code

• Map-Reduce paradigms via parallel, doParallel and foreach packages;
• Map-Reduce paradigms via the futureverse;
• Parallel backends in the futureverse.

Orateur: Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

12:00 Trekking avec pique nique

jeudi 26 septembre

9 MPI avec le langage R - partie 1

MPI "Message Passing Interface" est la bibliothèque la plus utilisée pour exploiter les machines massivement parallèles. MPI s'utilise depuis beaucoup de langages. Deux interfaces R existent qui s'appellent Rmpi et pbdMPI. Nous verrons comment faire les communications point à point et des communications collectives avec des exemples.

https://fisher.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/

https://pbdr.org/documentation/pbdMPI/00_pbdMPI-package.html

Orateur: Dr Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

Utiliser MPI avec R: le package Rmpi

10:30 Pause café

10 MPI avec le langage R - partie 2

Orateur: Dr Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

Rmpi

12:00 Pause déjeuner

11 présentation/tuto sur la librairie rkeops

La librairie rkeops (https://cran.r-project.org/web/packages/rkeops/index.html) permet de faire du calcul sur CPU ou GPU (de manière transparente) à base d'opération symbolique sur des matrices, soit en utilisant des opérations matricielles à la syntaxe similaire à du R base, soit en décrivant par une formule mathématique l'opération qu'on veut implémenter.

Orateur: Ghislain DURIF (CNRS)

R computing on GPU using RKeOps

15:30 Pause café

12 présentation/tuto sur la librairie rkeops

La librairie rkeops (https://cran.r-project.org/web/packages/rkeops/index.html) permet de faire du calcul sur CPU ou GPU (de manière transparente) à base d'opération symbolique sur des matrices, soit en utilisant des opérations matricielles à la syntaxe similaire à du R base, soit en décrivant par une formule mathématique l'opération qu'on veut implémenter.

Orateur: Ghislain DURIF (CNRS)

R computing on GPU using RKeOps

vendredi 27 septembre

13 Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (présa+tuto)

Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.

https://github.com/fchuffar/demo_snakemake

Orateur: Florent Chuffart (Inserm)

Demo snakemake

10:30 Pause café

14 Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (demo)

Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.

https://github.com/fchuffar/demo_snakemake

Orateur: Florent Chuffart (Inserm)

A set of scripts to illustrate the use of snakemake

12:00 Départ avec pique nique à emporter