Journée Système (JoSy) : La reproductibilité en pratique : méthodes et outils

Liste des contributions

0. Présentation ARAMIS - DR7 - Univ-Lyon 1 / ICBMS

M. Vincent HURTEVENT (ARAMIS)

23/05/2019 09:00

1. Keynote : Les enjeux de “la recherche reproductible”

K. Hinsen (Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans)

23/05/2019 09:15

2. SIDUS : c'est un “grand pas” pour la déduplication. Un unique “petit pas” pour la reproductibilité ?

E. Quemener (ENS Lyon)

23/05/2019 10:00

Au delà de son aspect “pratique” (“on n'installe plus les machines, on les démarre !”), SIDUS apporte une reproductibilité totale du système d'exploitation, dans le temps (sur une même machine à des instants différents) ou dans l'espace (sur des machines déployées au même instant). A travers quelques exemples du Centre Blaise Pascal, nous verrons que, lorsque des variabilités (notamment...

3. La reproductibilité au service de la Biologie computationnelle

T. Denecker (I2BC, Gif-Sur-Yvette)

23/05/2019 10:45

Les outils de reproductibilité choisis ont tous des équivalents fonctionnels (docker/singularity, snakemake/nextflow, jupyter/Rmarkdown, …) Une étude récente publiée dans Nature a montré que près de 70% des expériences en Biologie ne sont pas reproductibles. Il est donc indispensable de mettre en place des bonnes pratiques afin de garantir l’intégrité des données et la reproductibilité des...

4. Panorama des solutions de diffusions et d’installations des codes logiciels dans un contexte HPC largement multi-utilisateurs

P.A. Bouttier (UGA Grenoble), V. Louvet (UGA Grenoble)

23/05/2019 11:30

5. Lightning talk: Pipelines nextflow

J. Ganofsky (ENS Lyon)

23/05/2019 14:00

12. Lightning talk : Portail web pour soumettre et formatter des jeux de données / package R

S. Dray (LBBE)

23/05/2019 14:08

6. Présentation du MOOC Recherche Reproductible

B. Rospars (INRIA Grenoble), L. Farhi (INRIA Grenoble)

23/05/2019 14:15

Utilisation d'un serveur Gitlab pour réaliser tous les exercices du MOOC, d'un espace personnel Jupyter par apprenant (Jupyterhub) avec un système de gestion de version simplifié.

7. Au-delà des conteneurs: environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix

L. Courtes (INRIA Bordeaux)

23/05/2019 15:00

10. Execo a library to manage unix processes on thousands of remote hosts

L. Pouilloux (Ecole centrale, Lyon)

23/05/2019 15:45

It is well designed for: - prototyping experiments on distributed systems - automatize admin tasks - create reproducible experiments

9. Bistro: a library to build large-scale workflows in computational biology (OCaml)

P. VEBER (UMR 5558, Lyon)

23/05/2019 16:30

8. La plateforme web “Virtual Imaging Platform” pour une science ouverte et reproductible.

S. POP (Creatis Lyon)

23/05/2019 17:00