Name: ANF R POUR LE CALCUL 2024
Start: 2024-09-23T00:00:00+02:00
End: 2024-09-27T13:00:00+02:00
Location: Villa Clythia

ANF R POUR LE CALCUL 2024

de lundi 23 septembre 2024 (00:00) à vendredi 27 septembre 2024 (13:00)

lundi 23 septembre 2024

12:00 Déjeuner
Déjeuner
12:00 - 14:00
14:00 Mot de bienvenue et introduction - Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
Mot de bienvenue et introduction
- Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
14:00 - 15:00
15:00 Pause café
Pause café
15:00 - 15:30
15:30 Setup et configuration - Ghislain DURIF (CNRS - LBMC) Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629) Pierre Navaro (IRMAR CNRS) Florent Chuffart (Inserm) Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
Setup et configuration
- Ghislain DURIF (CNRS - LBMC)
- Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
- Pierre Navaro (IRMAR CNRS)
- Florent Chuffart (Inserm)
- Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
15:30 - 17:00
mardi 24 septembre 2024
09:00 Paquet Rcpp - Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
Paquet Rcpp
- Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
09:00 - 10:30
- Introduction à Rcpp - evalCpp et sourceCpp
10:30 Pause café
Pause café
10:30 - 11:00
11:00 Paquet Rcpp - Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
Paquet Rcpp
- Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)
11:00 - 12:00
- Integration dans un paquet - Bibliothèques utiles en C++ d'algèbre linéaire
12:00 Pause déjeuner
Pause déjeuner
12:00 - 14:00
14:00 Parallel computing for Rcpp code - Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
Parallel computing for Rcpp code
- Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
14:00 - 15:30
- OpenMP - RcppParallel - RcppThread
15:30 Pause café
Pause café
15:30 - 16:00
16:00 Parallel computing for Rcpp code - Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
Parallel computing for Rcpp code
- Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
16:00 - 17:00
- OpenMP - RcppParallel - RcppThread
mercredi 25 septembre 2024
09:00 Parallel computing for R code - Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
Parallel computing for R code
- Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
09:00 - 10:30
- Map-Reduce paradigms via parallel, doParallel and foreach packages; - Map-Reduce paradigms via the futureverse; - Parallel backends in the futureverse.
10:30 Pause café
Pause café
10:30 - 11:00
11:00 Parallel computing for R code - Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
Parallel computing for R code
- Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)
11:00 - 12:00
- Map-Reduce paradigms via parallel, doParallel and foreach packages; - Map-Reduce paradigms via the futureverse; - Parallel backends in the futureverse.
12:00 Trekking avec pique nique
Trekking avec pique nique
12:00 - 17:00
jeudi 26 septembre 2024
09:00 Rmpi - Pierre Navaro (IRMAR CNRS)
Rmpi
- Pierre Navaro (IRMAR CNRS)
09:00 - 10:30
MPI "Message Passing Interface" est la bibliothèque la plus utilisée pour exploiter les machines massivement parallèles. MPI s'utilise depuis beaucoup de langages. Un interface R existe qui s'appelle Rmpi. Nous verrons comment faire les communications point à point et des communications collectives avec des exemples. https://fisher.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/
10:30 Pause café
Pause café
10:30 - 11:00
11:00 Rmpi - Pierre Navaro (IRMAR CNRS)
Rmpi
- Pierre Navaro (IRMAR CNRS)
11:00 - 12:00
12:00 Pause déjeuner
Pause déjeuner
12:00 - 14:00
14:00 présentation/tuto sur la librairie rkeops - Ghislain DURIF (CNRS)
présentation/tuto sur la librairie rkeops
- Ghislain DURIF (CNRS)
14:00 - 15:30
La librairie rkeops (https://cran.r-project.org/web/packages/rkeops/index.html) permet de faire du calcul sur CPU ou GPU (de manière transparente) à base d'opération symbolique sur des matrices, soit en utilisant des opérations matricielles à la syntaxe similaire à du R base, soit en décrivant par une formule mathématique l'opération qu'on veut implémenter.
15:30 Pause café
Pause café
15:30 - 16:00
16:00 présentation/tuto sur la librairie rkeops - Ghislain DURIF (CNRS)
présentation/tuto sur la librairie rkeops
- Ghislain DURIF (CNRS)
16:00 - 17:00
La librairie rkeops (https://cran.r-project.org/web/packages/rkeops/index.html) permet de faire du calcul sur CPU ou GPU (de manière transparente) à base d'opération symbolique sur des matrices, soit en utilisant des opérations matricielles à la syntaxe similaire à du R base, soit en décrivant par une formule mathématique l'opération qu'on veut implémenter.
vendredi 27 septembre 2024
09:00 Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (tutoriel) - Florent Chuffart (Inserm)
Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (tutoriel)
- Florent Chuffart (Inserm)
09:00 - 10:30
Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.
10:30 Pause café
Pause café
10:30 - 11:00
11:00 Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (tutoriel) - Florent Chuffart (Inserm)
Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (tutoriel)
- Florent Chuffart (Inserm)
11:00 - 12:00
Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.
12:00 Départ avec pique nique à emporter
Départ avec pique nique à emporter
12:00 - 13:00