ANF R POUR LE CALCUL 2024

Liste des Contributions

7. Mot de bienvenue et introduction

Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)

23/09/2024 14:00

8. Setup et configuration

Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629), Daphné Giorgi (LPSM - CNRS), Florent Chuffart (Inserm), Ghislain DURIF (CNRS - LBMC), Dr Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

23/09/2024 15:30

6. Paquet Rcpp

Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)

24/09/2024 09:00

• Introduction à Rcpp
• evalCpp et sourceCpp

10. Paquet Rcpp

Daphné Giorgi (LPSM - CNRS)

24/09/2024 11:00

• Integration dans un paquet
• Bibliothèques utiles en C++ d'algèbre linéaire

5. Parallel computing for Rcpp code

Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

24/09/2024 14:00

• OpenMP
• RcppParallel
• RcppThread

11. Parallel computing for Rcpp code

Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

24/09/2024 16:00

• OpenMP
• RcppParallel
• RcppThread

1. Parallel computing for R code

Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

25/09/2024 09:00

• Map-Reduce paradigms via parallel, doParallel and foreach packages;
• Map-Reduce paradigms via the futureverse;
• Parallel backends in the futureverse.

12. Parallel computing for R code

Aymeric Stamm (Department of Mathematics Jean Leray, UMR CNRS 6629)

25/09/2024 11:00

• Map-Reduce paradigms via parallel, doParallel and foreach packages;
• Map-Reduce paradigms via the futureverse;
• Parallel backends in the futureverse.

4. MPI avec le langage R - partie 1

Dr Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

26/09/2024 09:00

MPI "Message Passing Interface" est la bibliothèque la plus utilisée pour exploiter les machines massivement parallèles. MPI s'utilise depuis beaucoup de langages. Deux interfaces R existent qui s'appellent Rmpi et pbdMPI. Nous verrons comment faire les communications point à point et des communications collectives avec des...

13. MPI avec le langage R - partie 2

Dr Pierre Navaro (IRMAR CNRS)

26/09/2024 11:00

2. présentation/tuto sur la librairie rkeops

Ghislain DURIF (CNRS)

26/09/2024 14:00

La librairie rkeops (https://cran.r-project.org/web/packages/rkeops/index.html) permet de faire du calcul sur CPU ou GPU (de manière transparente) à base d'opération symbolique sur des matrices, soit en utilisant des opérations matricielles à la syntaxe similaire à du R base, soit en décrivant par une formule mathématique l'opération qu'on veut implémenter.

14. présentation/tuto sur la librairie rkeops

Ghislain DURIF (CNRS)

26/09/2024 16:00

La librairie rkeops (https://cran.r-project.org/web/packages/rkeops/index.html) permet de faire du calcul sur CPU ou GPU (de manière transparente) à base d'opération symbolique sur des matrices, soit en utilisant des opérations matricielles à la syntaxe similaire à du R base, soit en décrivant par une formule mathématique l'opération qu'on veut implémenter.

3. Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (présa+tuto)

Florent Chuffart (Inserm)

27/09/2024 09:00

Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.

https://github.com/fchuffar/demo_snakemake

15. Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (demo)

Florent Chuffart (Inserm)

27/09/2024 11:00

Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.

https://github.com/fchuffar/demo_snakemake

9. Trekking avec pique nique