23–27 sept. 2024
Villa Clythia
Fuseau horaire Europe/Paris
Action nationale de formation sur l'utilisation de R sur les infrastructures de calcul portée par le groupe Calcul et le RIS

Utilisation de Snakemake sur un cluster de calcul (présa+tuto)

27 sept. 2024, 09:00
1h 30m
Villa Clythia

Villa Clythia

CAES du CNRS La Villa Clythia 2754, avenue Henri-Giraud 83600 Fréjus

Orateur

Florent Chuffart (Inserm)

Description

Le système de gestion de workflows Snakemake est un outil permettant de créer des analyses de données reproductibles et évolutives. Par défaut, Snakemake exécute les tâches sur la machine locale sur laquelle il est invoqué. Il peut également exécuter des tâches dans des environnements distribués tels que les clusters de calcul.

https://github.com/fchuffar/demo_snakemake

Documents de présentation